ทั้งข้อมูลที่ดีและเลว จิตใต้สำนึกยังควบคุมการทำงานของอวัยวะภายใน ทั้งหัวใจ ปอด กระเพาะอาหาร ตับม้าม ต่อมฮอร์โมนต่างๆ โดยระบบประสาทอัตโนมัติ จิตใต้สำนึกมีอำนาจถึง 90%

สั่งจิตให้เพิ่ม-ลดน้ำหนักคน	สั่งจิตใช้กระดาษตัดตะเกียบให้ขาด

ถ้าจิตใต้สำนึกของเรารับรู้แต่ข้อมูลดีๆ อวัยวะภายในของเราก็ทำงานสงบเรียบร้อย เป็นปกติ แต่ถ้าภายในของเราก็ทำงานสงบเรียบร้อย เป็นปกติ แต่ถ้าจิตใต้สำนึกของเรารับรู้แต่ข้อมูลแย่ๆ ความเร่งรีบ เคร่งเครียด ผิดหวัง เศร้าโศกเสียใจ ซึ่งเป็นธรรมดาที่คนเราจะต้องมีสิ่งที่ไม่สมหวังในชีวิตบ้าง แต่ถ้าไม่รู้จักวิธีที่จะระเหิดความกดดันเหล่านั้นออกไป ประสบการณ์และอารมณ์ด้านลบเหล่านี้จะถูกสะสมอยู่ในจิตใต้สำนึก และรบกวนการทำงานของอวัยวะภายในได้ เช่นผู้ที่เครียดจัด มักอาหารไม่ย่อย ปวดกระเพาะ ใจเต้นสั่น หอบเหนื่อยง่าย นอนไม่หลับ อารมณ์แปร ปรวน น้ำตาลในเลือดสูง กระทั่งมีภาวะไขมันในเลือดสูงด้วย เนื่องจากการทำงานของตับ ของต่อมฮอร์โมนต่างๆ รวนเรไป ไม่สามารถหมุนใช่ไขมันในร่างกายให้เป็นปกติได้

ด้วยเหตุนี้ ถ้าเรามีวิธีผ่อนคลายความเครียดก็เท่ากับช่วยเปิดโอกาสให้อวัยวะในทำงานเข้าสู่ภาวะปกติ ซึ่งถ้าได้รับการปฎิบัติผ่อนคลายด้วยการสั่งจิตใต้สำนึกให้สงบ เช่น การฝึกสมาธิ การกำหนดรู้ลมหายใจเข้า - ออก หรืออาณาปานสติ ก็จะทำให้จิตสงบ สะอาด สว่าง และว่องไวในการทำงาน ช่วยลดความเครียดปรับสภาพร่างกายและจิตใจสู่ดุลยภาพ จึงใช้วิธีนี้บำบัดโรคได้อีกหลายโรค เช่น โรคนอนไม่หลับ โรคความดันเลือดสูง ภูมิแพ้ หอบ หืด เครียด ภาวะอาหารไม่ย่อย โรคแผลในกระเพาะอาหาร เป็นต้น

ทางศูนย์ธรรมชาติบำบัดบัลวี ใช้การสั่งจิตใต้สำนึกในการรักษา โรคภูมิแพ้ หอบหืด อาการทางกระเพาะลำไส้ ปวดกระเพาะอาหาร อาหารไม่ย่อย ท้องผูกสลับท้องเสีย นอนไม่หลับ และที่สำคัญพบว่ามีประโยชน์มากในการร่วมรักษามะเร็ง เพราะสามารถลดผลข้างเคียงของเคมีบำบัดและรังษีบำบัดได้