เมื่อสารก่อภูมิแพ้เข้ามาในร่างกายของผู้ป่วยไม่ว่าจะด้วยการกินอาหาร การหายใจ การสัมผัสหรือฉีดเข้าไป

สารก่อภูมิแพ้จะถูกเซลล์ในระบบภูมิคุ้มกันจับไว้ทำปฏิกิริยาต่อเนื่องกันหลายขั้นตอนจนสุดท้ายมีการสร้าง ไอจีอี (อิมมูโนโกลบูลิน อี-สารโปรตีน)ขึ้น ไอจีอีที่ถูกสร้างจะไปจับที่ผิวเซลล์ สองชนิด คือ มาสต์เซลล์ และ เบโซฟิล ซึ่งพบได้ทั่วร่างกาย เช่น เยื่อบุจมูกและหลอดลม ทำให้เซลล์อยู่ในสภาพพร้อมจะเกิดปฏิกิริยา

เมื่อร่างกายได้สารก่อภูมิแพ้ตัวเดิมเข้าไปอีกครั้งสารก่อภูมิแพ้ก็จะไปจับกับ ไอจีอี ส่งผลให้เซลล์ปล่อยสารเคมีออกมาหลายชนิดเช่น ฮิสตามีน ลิวโคไตรอีน และโพสตาแกลนดินโดยสารเคมีเหล่านี้มีผลโดยตรงต่อเนื้อเยื่อรอบ ๆ ทำให้เกิดอาการคันจมูก คัดจมูก จาม น้ำมูกไหล และยังชักนำให้เซลล์อื่นเข้ามาสู่บริเวณที่เกิดปฏิกิริยาเพิ่มขึ้นอีก จนมีปฏิกิริยาการอักเสบตามมาในที่สุด

แต่ละคนอาจจะมีอาการไม่เหมือนกันได้ แต่ที่พบบ่อยคือ

มักจะมาด้วยเรื่อง ปวดท้อง อาเจียน หรือท้องเสีย หลังจากรับประทานสารก่อภูมิแพ้เข้าไป เช่น นมวัว เพราะเกิดปฏิกิริยาแพ้สารโปรตีนบางชนิดในนมวัว บางรายอาจมีถ่ายเหลว มีเลือดปนออกมาด้วยและเมื่อเปลี่ยนประเภทนมที่รับประทาน อาการดังกล่าวก็หายไป

เช่น อาการผื่นคันตามผิวหนัง หลังจากได้รับการกระตุ้นจากสิ่งที่เราแพ้ ทั้งทางการสัมผัส การรับประทาน หรือแม้กระทั่งการหายใจสูดละอองเกสรที่แพ้เข้าไปก็จะทำให้เกิดปฏิกิริยาขึ้นแตกต่างกัน ตั้งแต่ผื่นเฉพาะที่ ผื่นทั้งตัว จนถึงอาการบวมของเปลือกตา และบริเวณที่สัมผัสโดยตรงได้เช่นกัน

ผู้ป่วยแต่ละคนมักจะมีอาการมากกว่าระบบเดียวเสมอ เช่น มีอาการคัดจมูก จามติดต่อกัน พร้อมกับผื่นผิวหนังขึ้นตามตัว เป็น ๆ หาย ๆตามมาด้วยเป็นต้น